Ukończyła studia w Instytucie Nauk Ekonomicznych Uniwersytetu Warszawskiego; doktoryzowała się (z ekonomiki rolnictwa) i habilitowała na Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie. Postanowieniem Prezydenta RP z 16 sierpnia 1999 otrzymała tytuł naukowy profesora. Wykładała na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, gdzie od 2001 zajmowała stanowisko profesora zwyczajnego. Była też członkiem Komitetu Nauk Ekonomicznych Polskiej Akademii Nauk.
W latach 90. działała w KLD. Bez powodzenia kandydowała do Sejmu z 1. miejsca lubelskiej listy tej partii w wyborach parlamentarnych w 1993. Następnie należała do Unii Wolności, zasiadając w latach 1994–1996 w radzie krajowej. W latach 1990–1998 była radną rady miejskiej w Świdniku.
Była posłanką IV kadencji (2001–2005), zasiadała w klubie parlamentarnym Platformy Obywatelskiej. W wyborach startowała z okręgu lubelskiego. Pełniła w Sejmie funkcję zastępcy przewodniczącej Komisji Finansów Publicznych. W Platformie Obywatelskiej zasiadała w prezydium klubu parlamentarnego, była przewodniczącą regionu lubelskiego i od 27 czerwca 2003 do 21 maja 2005 wiceprzewodniczącą partii.
Wystąpiła z Platformy Obywatelskiej w tym samym miesiącu w związku z oskarżeniami o nepotyzm. Zarzucano jej, że zatrudniła w swoim biurze poselskim swoją synową oraz opłacała pracę swojego syna Pawła Gilowskiego jako eksperta prawnego z pieniędzy przeznaczonych na obsługę biura. Według Zyty Gilowskiej synowa została zatrudniona w biurze zanim poznała jej syna, a korzystanie z usług syna pozwoliło obniżyć koszty ekspertyz. Swoje wystąpienie z partii uzasadniała tym, że sytuacja w jej biurze (częsta także w przypadku innych biur poselskich) była znana liderom partii od początku, a kroki dyscyplinarne podjęte zostały wobec niej dopiero po publikacjach prasowych.
W latach 90. działała w KLD. Bez powodzenia kandydowała do Sejmu z pierwszego miejsca lubelskiej listy tej partii w wyborach parlamentarnych w 1993. Następnie należała do Unii Wolności, zasiadając w latach 1994–1996 w radzie krajowej. W latach 1990–1998 była radną rady miejskiej w Świdniku.
Była posłanką IV kadencji (2001–2005), zasiadała w klubie parlamentarnym Platformy Obywatelskiej. W wyborach startowała z okręgu lubelskiego. Pełniła w Sejmie funkcję zastępcy przewodniczącej Komisji Finansów Publicznych. W Platformie Obywatelskiej zasiadała w prezydium klubu parlamentarnego, była przewodniczącą regionu lubelskiego i od 27 czerwca 2003 do 21 maja 2005 wiceprzewodniczącą partii.
Wystąpiła z Platformy Obywatelskiej w tym samym miesiącu w związku z oskarżeniami o nepotyzm. Zarzucano jej, że zatrudniła w swoim biurze poselskim swoją synową oraz opłacała pracę swojego syna Pawła Gilowskiego jako eksperta prawnego z pieniędzy przeznaczonych na obsługę biura. Według Zyty Gilowskiej synowa została zatrudniona w biurze zanim poznała jej syna, a korzystanie z usług syna pozwoliło obniżyć koszty ekspertyz. Swoje wystąpienie z partii uzasadniała tym, że sytuacja w jej biurze była znana liderom partii od początku, a kroki dyscyplinarne podjęte zostały wobec niej dopiero po publikacjach prasowych.
7 stycznia 2006 prezydent Lech Kaczyński na wniosek premiera Kazimierza Marcinkiewicza powołał ją na urząd wicepremiera i ministra finansów. Jej odwołanie nastąpiło 24 czerwca 2006, kiedy to Rzecznik Interesu Publicznego, Włodzimierz Olszewski, zarzucił Zycie Gilowskiej „kłamstwo lustracyjne”. Sąd lustracyjny pierwszej instancji, po rozpatrzeniu sprawy, w dniu 6 września 2006 orzekł jednak, że złożyła ona zgodne z prawdą oświadczenie lustracyjne.
22 września 2006 została powołana na wniosek premiera na stanowiska ministra finansów i wicepremiera w rządzie Jarosława Kaczyńskiego. 7 września 2007 została odwołana z funkcji wicepremiera i ministra finansów z jednoczesnym powołaniem na sekretarza stanu w Ministerstwie Finansów i tymczasowego kierownika resortu. 10 września tego samego roku ponownie została powołana na oba urzędy.
W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz drugi uzyskała mandat poselski, kandydując z listy Prawa i Sprawiedliwości w okręgu poznańskim. 14 stycznia 2008 zrezygnowała z zasiadania w Sejmie. Jej miejsce zajął Jan Filip Libicki.
16 lutego 2010 prezydent Lech Kaczyński ogłosił decyzję o powołaniu jej w skład Rady Polityki Pieniężnej. Po uprzednim złożeniu przez nią rezygnacji, prezydent Bronisław Komorowski odwołał Zytę Gilowską z RPP 4 października 2013. W październiku 2015 została członkinią Narodowej Rady Rozwoju powołanej przez prezydenta Andrzeja Dudę.
