To historia sióstr betanek z Kazimierza Dolnego, które przeżyły istne piekło w 2006 r. Franciszkanin, o. Roman Komaryczko, przez jakiś czas był ich "przewodnikiem duchowym". Podczas jego obecności w klasztorze dochodziło do molestowania seksualnego zakonnic oraz dziewcząt związanych z betankami. Franciszkanin był zafascynowany ruchem charyzmatycznym, który funkcjonuje w kościele protestanckim. Zadaniem kapłana było wywołanie silnych emocji, które miały być przejawem działania Ducha Świętego. I tak też było w zakonie betanek - nietypowe praktyki religijne, odprawiane w niezrozumiałym języku, ekstazy fizyczne, przedziwne metody leczenia związane z kontaktem cielesnym zakonnic i franciszkanina. Matka Przełożona zapowiadała "Wiosnę Kościoła". Rzekomo miała objawienia - widziała zionące ogniem smoki, a Chrystus przykazał jej, by je zwalczyła. Razem z o. Romanem zaczęła wypełniać "wolę" Zbawiciela. W rezultacie zakon betanek wraz z o. Romanem został siłą wyprowadzony przez policję z budynku klasztoru.
Klasztor został otoczony drutem kolczastym. Zakonnice nie mogły opuszczać jego budynku. Ksiądz Franciszek zaczął prowadzić przedziwne praktyki religijne, które zupełnie nie zgadzały się z typowymi działaniami kapłanów kościoła katolickiego. Mężczyzna wywarł ogromny wpływ na siostry zakonne - prawie wszystkie, oprócz jednej, s. Łucji, poddały mu się i bezwiednie wykonywały jego polecenia. Scena, kiedy zakonnice tańczą jak opętane w kaplicy, a między nimi krąży ksiądz Franciszek, jest jedną z kluczowych w tym filmie. Siostry w mistycznym pląsaniu, kręceniu się w kółko, ściąganiu nakryć głów, dotykaniu się, upadały bezwiednie na podłogę i tak leżały bez ruchu przez jakiś czas, jakby między nimi był diabeł... Kiedy któraś z nich popełniła "grzech", ksiądz zapraszał ją do swojej celi, by tam "wybawić" ją z nieczystości poprzez cielesne i jednocześnie mistyczne zetknięcie się z Jezusem. Siostry wierzyły mu we wszystko, co mówił i robił. To zadziwiające, z jaką łatwością człowiek może zawładnąć umysłem drugiej osoby. Wśród sióstr była ta, która przed przyjściem księdza Franciszka pomagała ludziom, opiekowała się niepełnosprawnym chłopcem, pełna wrażliwości, dobroci - s. Anna. Na początku poddała się wpływom nowego księdza, ale mimo to, miała spore wątpliwości, czy to, co czyni ksiądz Franciszek, jest zgodne z wiarą katolicką. Kiedy mężczyzna chciał ją wykorzystać seksualnie, by pokazać jej "miłość Boga", ta czym prędzej uciekła z klasztoru tajnym przejściem. Straciła wiarę. Dla niej Bóg przestał istnieć. Stała się zgorzkniała, smutna, nie była taka, jak kiedyś. Film kończy się wyprowadzeniem z klasztoru zakonnic i księdza przez policję.
Mocne sceny religijnej ekscytacji, opętanie, krew, siniaki na ciałach zakonnic, kontakty fizyczne sióstr i księdza, tajemnicze wizje Matki Przełożonej, magiczne talizmany dawane przez Franciszka podczas osobistych spotkań z każdą z zakonnic, rzekoma ciąża jednej z nich, biczowanie się, całowanie ciała s. Anny przez jej przełożoną, złe sny, przeraźliwe krzyki, bieganie w koszulach nocnych po klasztorze - to tylko niektóre ze scen, które mogły wprawić w osłupienie widzów.
"W imieniu diabła" pokazuje nie tylko prawdziwą historię zakonu betanek, ale również unaocznia destrukcyjny wpływ przeróżnych sekt, które nie znają granic - wejdą wszędzie, nawet tam, gdzie teoretycznie powinien panować Bóg i zniewolą nawet najbardziej niewinne i bezbronne dusze.
