Ostatnio o ks. Bonieckim głośno zrobiło się przez wypowiedź na temat Adama "Nergala" Darskiego (znanego z mocnej krytyki w stosunku do Kościoła i zachowań typu darcie Biblii na scenie podczas koncertu). Ksiądz otrzymał od biskupa Wiesława Merninga list, w którym z dezaprobatą odnosi się do popierania przez Bonieckiego „Nergala” i wypowiedzi sprzecznych z nauką kościoła. Ksiądz Boniecki w 2011 roku otrzymał od swojego przełożonego nakaz ograniczenia wystąpień i wypowiedzi publicznych. . Zakaz spotkał się zarówno z protestami, jak i głosami poparcia różnych środowisk katolickich.
Nagrody ks. Bonieckiego: Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski, Komandoria Narodowego Orderu Zasługi Republiki Francuskiej, Złoty Medal Zasłużony Kulturze Gloria Artis, Nagroda im. Dariusza Fikusa za 2008 rok w kategorii "wydawca".
Ważniejsze publikacje: "Rozmowy niedokończone", "Kościół w świecie zmieniającej się kultury", "Zrozumieć papieża: rozmowy o encyklikach" (wraz z Katarzyną Kolendą-Zaleską).
