Jego marzeniem była akcja z bronią w ręku. Dlatego chłopak zgłosił się do przeprowadzenia zamachu na naczelnika żandarmerii, pułkownika von Płotto. Znienawidzony, carski oficer słynął z wielkiego okrucieństwa i znęcania się nad więźniami politycznymi. Za to PPS wydał na niego wyrok śmierci.
Deklarację przyjęto, licząc, że uczeń nie będzie zwracał na siebie uwagi i dzięki temu podejdzie bliżej von Płotto. 15 grudnia 1906 roku – w przeddzień zamachu, w mieszkaniu Wernera pojawił się Stanisław Hempel, główny organizator akcji. Wręczył młodzieńcowi napełniony karbonitem ładunek. Dostrzegł zapał, ale wyczuł również zdenerwowanie chłopaka. Postanowił towarzyszyć mu podczas akcji.
16 grudnia wyruszyli pod wskazane miejsce. Był mroźny dzień, śnieg pokrył zlodowaciałe chodniki. W pewnej chwili Werner niosący bombę poślizgnął się i omal nie upadł. Groźba eksplozji i śmierci niewinnych przechodniów spowodowała, że Hampel postanowił sam nieść ładunek wybuchowy. Werner stanął na czatach na rogu ulic Kościelnej i Michałowskiej (obecnie Moniuszki i Sienkiewicza). Hempel udał się na skrzyżowanie ulic Michałowskiej i Szerokiej (dziś Sienkiewicza i Piłsudskiego). Tam mieszkał von Płotto. Minuty wlokły się jak godziny. Wreszcie w oddali zadźwięczał dzwonek i na rogu ulic Kościelnej i Lubelskiej (dziś Moniuszki i Żeromskiego) ukazały pędzące sanki. Werner machnąwszy białą chustką dał znać swemu towarzyszowi, który ukrył się w bramie kamienicy. Sanki zatrzymały się przed domem. Von Płotto wysiadł i wtedy zobaczył wybiegającego młodego człowieka. Na jego widok żandarm sięgnął po rewolwer, lecz w tej samej chwili Hempel rzucił mu pod nogi bombę. Zabłysnął biały, oślepiający płomień, a po chwili rozległ się ogłuszający huk, któremu towarzyszył brzęk wypadających szyb. Płotto upadł, jedną nogę miał urwaną powyżej kolana, na ciele mnóstwo szarpanych ran. Hempel po zamachu uciekł na Glinice, skąd nocnym pociągiem towarowym wyjechał z Radomia, szczęśliwie unikając w ten sposób aresztowania. Ta sztuka nie udała się Stanisławowi Wernerowi. Młodzieniec nie wytrzymał nerwowo – w momencie wybuchu rzucił się do panicznej ucieczki w kierunku domu przy ulicy Skaryszewskiej. Zauważył to sędzia śledczy Kisielewicz i wskazał go stojącym na posterunku żołnierzom.
Wernera ujęto i osadzono w więzieniu. Na pierwszym przesłuchaniu przyznał się do udziału w zamachu. Nie wymienił jednak żadnych nazwisk członków partii. Śledztwo i sąd polowy nad młodzieńcem trwały zaledwie trzy dni. Uznano go winnym śmierci pułkownika von Płotto i skazano na rozstrzelanie. Wyrok wykonano 20 grudnia na skraju Lasu Kapturskiego. Werner był bardzo spokojny. Śmiał się i żartował z księdzem. Skazaniec prosił, żeby nie zawiązywano mu oczu, prośby jednak nie spełniono.
Na wieść o egzekucji robotnicy radomskich fabryk zorganizowali powszechny strajk. Starania rodziców Wernera, o zezwolenie na pochówek syna nie odniosły skutku. Rosjanie bali się demonstracji patriotycznych.
Dziś na cmentarzu przy ul. Limanowskiego znajduje się symboliczny nagrobek młodego bohatera. Miejsce egzekucji Wernera upamiętnia głaz w Lesie Kapturskim. Miejsce trudno jednak znaleźć, ponieważ nikt nie zatroszczył się o oznakowanie prowadzącej do niego ścieżki.
